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《企业所得税法》不仅实现了并行的内、外资企业所得税法的统一，在此基础上也根据新的经济形势的变化进行了完善和补充，进行了新的制度构建。从总体上说，《企业所得税法》实现了以下的八项制度创新〖1〗。
一、确立以法人为标准的纳税主体制度，引入居民、非居民的概念
根据《企业所得税法》第1条规定，企业所得税的纳税义务人为“除个人独资企业和合伙企业外的企业和其他取得收入的组织”，不再区分内外资企业，按照国际通行做法，将取得经营收入的单位和组织都纳入征收范围。同时采用“登记注册地标准”和“实际管理机构地标准”，将企业分为“居民企业”和“非居民企业”（第2条），承担不同的纳税义务。并且为了增强企业所得税与个人所得税的协调，避免重复征税，法律明确排除个人独资企业和合伙企业的适用。由此，无论资金来源如何，只要不具备个人独资企业和合伙企业的法律形式的企业，都应当无差别的适用《企业所得税法》。具体而言：
《企业所得税法》关于纳税人的界定，改变了以资本的来源作为区分标准的做法，而是“凡是在中华人民共和国境内的企业以及其他取得收入的组织”都应当依法缴纳企业所得税。由此，《企业所得税法》统一了其适用对象，确立了无差别的企业所得税的纳税主体，对所有的企业纳税人，无论其资金来源、经济属性、规模、所属区域，均应平等地根据其经济收益能力加以考察，均给予平等的适用和保护，从而实现企业间税收负担的平等分配。
《企业所得税法》关于纳税人的界定，改变了以往内资企业所得税以独立核算的三个条件来判定纳税人标准的做法，只要是我国境内的企业和其他取得收入的组织，均作为企业所得税的纳税人。虽然2000年1月1日起个人独资企业和合伙企业不再缴纳征收企业所得税〖2〗，但《企业所得税法》以法律形式明确排除了个人独资企业和合伙企业的企业所得税纳税义务。一方面虽然这两类企业也从事商品生产经营活动，但企业不拥有独立财产，无法准确衡量其税收负担能力；另一方面，这两类企业一般经营规模较小，如同时征收企业所得税和个人所得税，则存在双重征税，加重其不合理经济负担。因此个人独资企业和合伙企业不适用《企业所得税法》，不仅在法理上具有合理依据，也与我国相关立法相统一，符合国际立法惯例。
将非法人的个人独资企业和合伙企业排除在企业所得税的纳税人之外，也体现了我国在企业所得税主体法人标准上的选择。以法律形式对组织进行区分主要是法人和非法人，目前我国存在着多种形式的企业，并且取得收入的组织也形式各异，不全都具有法人资格。虽然在税法上并没有强调纳税人的法人地位，但实行法人所得税制是国际通行做法，有利于更加规范、科学、合理的确定企业纳税义务。同时在非法人企业中，一部分属于历史遗留问题，如全民所有制、集体所有制企业；一部分是属于改革开放之初为吸引和便利外商投资而采用灵活多样化的企业形式和投资方式；还有一部分则属于常设机构，但即使是常设机构纳税，真正的主体仍然是外国企业，主要还是法人。同时《企业所得税法》中“居民企业在中国境内设立不具有法人资格营业机构的，应当汇总计算、缴纳企业所得税”的规定，也暗含了对法人标准的偏好。因此随着市场主体立法的健全和公司治理结构的完善，以法人作为企业所得税纳税人将成为企业所得税法进一步完善的方向。
《企业所得税法》采用类似《个人所得税法》对纳税人的分类方式，将企业划分为居民企业和非居民企业。第2条规定，依法在中国境内成立，或者依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业为居民企业。依照外国（地区）法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业为非居民企业。
此规定上借鉴了国际通行做法，突破了长期以来我国企业所得税的规范囿于经济所有制性质或资本来源性质的不合理框架。而对纳税人以居民标准进行区分，无论从实质的经济联系，还是法律联系来看，对一国的税收收入和国家主权都具有重要意义。但我国也只在《个人所得税法》中采纳国际惯例，采用住所和居住时间两个标准将自然人纳税人分为居民和非居民。〖3〗而在企业所得税领域，很长一段时间是依照经济所有制性质，后以内外资形式区分纳税人。虽然在原涉外企业所得税制度中区分了外商投资企业与外国企业不同的纳税义务，实质是按照属人和属地管辖权，对居民纳税人和非居民纳税人的不同纳税义务进行了区分。〖4〗此次《企业所得税法》首次在企业所得税领域明确了“居民企业”、“非居民企业”的概念与区分，体现了与国际惯例的衔接，也与过去的立法不存在冲突。
从立法表述看，结合我国的实际情况采用了“登记注册地标准”和“实际管理机构地标准”相结合的办法认定居民企业，这种区分标准不仅较好地解决了居民企业的认定问题，而且比较灵活，符合我国经济发展的实际情况，有利于税收管辖权的行使。
二、确立具有国际竞争力的税率制度
所得税主要有两方面的功能，一是财政功能，通过征收所得税为国家提供稳定可靠的财政收入来源；二是调节功能，通过所得税结构的合理设计和安排贯彻国家经济政策和社会政策。而税率作为直接关涉纳税人税负和国家财政收入的因素，则成为所得税发挥作用的主要手段。税率的确定应当考虑保护人民基本财产权、人民经济活动的自由和人格发展的自由，侵犯人民基本权和自由的税率不符合现代法治国理念。在考虑到企业的实际税负、周边国家的税率、财政负担能力以及外资的心理承受能力等因素，《企业所得税法》规定税率为25%，并规定符合条件的小型微利企业，减按20%的税率征收企业所得税。国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15％的税率征收企业所得税。
从税率形式上看，25%的比例税率在一定程度上兼顾了公平和效率的要求，可以保证各类企业有平等的竞争环境，从而促使企业提高效率。简明的税率也便利了征管，改变了原企业所得税制度的不合理和不科学。〖5〗
从税率水平上看，25%的税率降低了8个百分点，不仅从国内企业和财政的角度考虑比较适宜，也符合世界性减税的潮流。（1）1980年代中期开始的世界性税制改革的重要内容是公司（企业）所得税的税率下调，2005年全球43个国家的综合税率为29.49%。〖6〗比较主要发达国家和我国周边国家企业所得税的基准税率，目前美、法、德、英、意等主要发达国家的企业所得税基准税率分别为35%、33.33%、25%、30%、33%，而周边国家如日本、韩国、越南、印尼、马来西亚则为30%、27.5%、28%、30%、28%。因此25%的税率在保证我国企业国际竞争力的同时，也充分考虑了国际税率水平，仍具有对外资的吸引力。（2）从企业所得税财政收入职能看，税率降低对财政收入的影响是显著的。但由于内资企业的税基会有较高速度的增加，内资企业所得税收入减少将与外资企业所得税的增加大体相当，并且近年我国财政收入每年都以较大幅度增长的趋势看，国家完全可以承受
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