《意见》明确了新时期环境科技发展的指导思想和总体目标。指导思想是以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻全国科技大会和第六次环保大会精神，全面落实科学发展观，实施科技兴环保战略，坚持“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的指导方针，以科技创新促进历史性转变，以科技进步带动环保事业跨越式发展。总体目标是到2010年，通过实施环境科技创新、环保标准体系建设和环保技术管理体系建设三大工程，在知识创新的关键研究领域取得重大突破，环保技术法规、标准基本满足环境管理需要，环境技术管理体系初步建立，使科技支撑和引领环保事业发展的能力有较大提高。到2020年，建立层次清晰、分工明确、运行高效、支撑有力的国家环境科技支撑体系。
《意见》指出，要完善环境管理科学决策机制，强化环境科技在环保工作中的基础地位。各级环保部门要充分尊重科学、尊重知识、尊重人才，建立专家参与管理决策机制，完善管理决策程序，提高管理决策的科学性，切实做到未经调查研究不决策、未经科学论证不决策、未经专家审议不决策。
《意见》指出，要实施国家环境科技创新工程，搭建环境科技创新平台。要以解决重大环境问题为出发点，尽快突破长期制约经济、社会和环境发展的关键性科技难题；以环境管理制度创新研究为先导，突出与实现历史性转变相配套的体制、机制、政策和管理制度等方面前瞻性研究，强化与环境保护法规、规章、战略、重大规划以及环境监管体制相关的基础研究；加强环境监测预警的技术创新，为建立先进的环境监测预警体系提供技术保障。要实施环境标准体系建设工程，提高环境保护执法和管理工作的水平。以环境质量标准和污染物排放标准为核心，全面推进国家和地方环保标准工作，努力使环保标准与环境目标相衔接，提高环境准入门槛，优化经济发展。
《意见》指出，要实施环境技术管理体系建设工程，引导循环经济和环保产业发展。一是以建立环境技术管理体系为目标，增强技术创新能力，建立完善以技术政策、技术指南、技术规范、技术评估和技术推广示范为主要内容的国家环境技术管理体系。二是以新技术新工艺推广示范为重点，有针对性地遴选先进成熟的环保科技成果和实用技术，加强环保科技成果推广和环保科普工作。三是引导环保高新技术开发，积极引导、扶持企业开发具有自主知识产权的重要环保技术装备和基础装备，集中力量创建一批富有活力的环保产业化示范基地和体现循环经济理念的生态工业示范基地，加快发展环保服务业，推进环境咨询市场化。
《意见》指出，要加强环保科技基础能力建设，增强环保科研机构的持续创新能力。要建设全国环境科技协作和资源信息共享平台，形成全社会科技资源为环保事业服务的良好局面；强化重点实验室和工程技术中心等基础平台建设，到“十一五”末争取建成30个国家环境保护重点实验室和50个国家环境保护工程技术中心；争取建设国家实验室、野外观测台站和重点实验室等大型科技基础项目。要建立多元化的环境科技投入机制，建立稳定的公益性研究投入渠道，引导企业加大科技投入，并积极拓展外资投入渠道；加强对环境科技投入的使用管理，提高政府资金使用效率，使环保科技投入效益最大化，并引入第三方独立评估机制。要加强创新型环保科技队伍建设，进一步深化环境科技体制改革，建立健全现代科研院所制度；加快培养和引进一批高层次环境科技创新人才，培养和造就一批环境科学的领军人物、有创新精神的高技能人才队伍；建立和完善有利于激励自主创新的人才评价和科研成果奖励制度，对全国环保系统具有突出贡献和创新能力强的环境科技人才予以表彰。
《意见》指出，各级环保部门要认真学习贯彻胡锦涛总书记关于加强新时期环保工作和科技工作的一系列重要指示精神，按照全面落实科学发展观和建设创新型国家、环境友好型社会的要求，切实加强对环境科技工作的领导，将科技兴环保战略落到实处。
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