“有的单位领导小胜即满、固步自封，只看到自身的小发展，看不到别人的大发展，缺少连续顽强拼搏、不断创新发展的恒心和毅力。有的单位民主集中制落实不够，班子成员不团结，影响工作，贻误发展。有的单位作风不实，片面追求政绩，只做表面文章。有的领导机关指导基层的水平不高、服务基层的意识不强、攻坚克难的本领不大，造成某些方面工作一般化……”这是孙建新开列的该省司法行政工作存在的问题和不足“清单”的一部分。
而且，他还对这些问题存在的原因和环节进行了剖析。比如，对于有的单位领导存在小胜即满、小富即安的思想，他认为是一些单位坐井观天、固步自封的表现，他问“谁与自己比没有进步？”“工作要放在整个系统甚至与兄弟部门比，就会发现很多差距。比如，如何进一步提高效能工作，他认为，抓效能不是停留在上班迟不迟到、早不早退这类基本要求上，基本的要求必须是要做到的，关键是要在效能的内涵上有创新，让老百姓在效能和行风建设中受益。
他还对如何解决司法行政工作中存在的问题和不足，给参加会议的司法局长、监狱长、劳教所长和机关处室负责人三个“锦囊妙计”：判断形势要准，落实决策要严，帮助基层要真。准确判断形势是科学确定目标任务的前提。形势判断不准，作出决策就是瞎指挥。决策不可能自动变为现实，因此，作出决策以后，各级都有如何抓落实的问题。严格落实决策，就是要按时、按质、按量完成决策提出的任务。能否严格落实决策，不仅反映领导干部的纪律观念和工作作风，也反映领导干部的精神状态和工作能力。基层是决策的执行者，但并不意味着领导机关只需要作出决策、督促落实就行了，相反，领导机关还担负着为基层创造有利条件的责任，因为推动工作不可能完全靠基层主观努力，必须具备一定的客观条件。要做到真诚帮助基层，就是要把工作重心下移，从舆论引导、政策支持、力量配置、经费保障、技术装备等方面向基层倾斜。
一位参加会议的市司法局长对记者说，不仅指出工作中的不足，还帮你找原因，进而教你解决的办法，把工作例会开成了业务研讨会，基层喜欢这样的会。
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