《通知》从八个方面对药品市场秩序整顿工作作了具体部署。
一是切实加强对药品生产和医疗机构制剂配制的整顿，从源头上确保药品质量。严格按照《药品管理法》等法律法规和国家食品药品监管局有关规定，切实加大对原料药及其制剂生产企业和医疗机构制剂室资质准入审核的监管力度，完善原料药、辅料、包装材料购进资质审查以及全项检验制度。对未取得药品生产许可证企业生产的，或从未取得药品生产经营许可证企业采购的，以及检验不合格的原辅料，一律不得用于药品生产（配制）。同时，加强对原料药及其制剂生产企业和医疗机构制剂室的监督检查，发现问题的，限期整改；逾期不改的，坚决依法予以严肃处理。
二是强化对市场流通环节药品质量的监督检查和药品不良反应的监测，严格执行药品不良反应信息报告、通报制度。对可能有质量问题的药品，应立即采取必要的控制措施，并及时组织监督抽验。对伪造药品生产、经营许可证或销售假劣药品等违法犯罪行为，要及时移交司法部门查处。
三是切实加强药品广告的监督管理。对违法药品、保健品广告，尤其是对未经批准擅自刊播、擅自更改广告审批内容及被撤销广告文号后仍进行刊播的行为，要严厉查处，并通过媒体曝光。新闻宣传部门要加强对媒体的管理，对经多次教育或责令整改后仍在从事违法药品、保健品广告宣传的，要一律停止刊播；实行广告违法一票否决制，并严肃追究有关人员的责任。
四是进一步加强对药品流通企业和医疗机构药品质量的监督管理。加强对药品流通企业的监管，严格监督实施GSP（药品经营质量管理规范）。建立健全医疗机构药品质量管理制度，规范药品购进、验收、储存、保管行为，确保医疗机构用药安全。
五是加强医疗器械生产、经营和使用环节的监管。严格执行《医疗器械监督管理条例》等有关规定，严禁销售和使用未经检验或检验不合格的医疗器械，严厉查处制售假劣医疗器械等违法违规行为。
六是加强对化工原辅料生产企业的监督管理，严把产品出厂关。化工原辅料生产企业要严格执行国家的有关规定，严禁以任何名义把未取得药品批准文号的化工原辅料（国家食品药品监管局另有规定的除外）销售给药品生产经营企业及医疗机构生产（配制）制剂，或更换包装以原料药、药用辅料的名义进行销售（含分装）。加强产品标签的管理，产品标签及张贴等不符合规定的，一律不得出厂销售。
七是加强对药品销售发票的监督管理。严禁企业为他人或其他企业代开原料药及其制剂、药用辅料及包装材料发票。
八是加强对药品价格的管理。严格药品价格审批和监督管理，防止企业通过更改药品名称骗取药品虚高定价，欺骗广大消费者。加强医疗机构药品零售价监管，完善医疗机构药品顺加作价制度。
《通知》要求各地成立药品市场秩序整顿工作领导小组及办事机构，负责本地区药品市场秩序整顿和协调工作，政府负责同志要切实担负起本地区药品市场管理的领导责任。各部门要通力协作，相互支持，确保整顿工作的顺利开展。对因整顿工作不力导致药品市场秩序混乱的，要依法依纪追究有关地区及部门负责人的责任。
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