《全集》的编排注解疏漏之处颇多。例如，第六卷中《论废两改元问题》与《再论废两改元并答吴经熊先生》两文，并非如题解所言，原载《马寅初经济论文集》第1集，商务印书馆1932年12月出版。实际上，二文原载于《银行周报》16卷27期（1932年7月19日）和16卷30期（1932年8月9日），前者题为《废两改元问题》。后者开头提及“上次报章所登载鄙人之《废两用元》一文”，显然不会是《马寅初经济论文集》，可惜编者未加注意。根据我的发现，这两篇文章应该循编辑体例，依发表时间顺序编入第五卷《长期抵抗之准备》一文后面。
又如，第十卷中《从战争中所得之利益与中国应付战争的经济能力》题解作“本文原载《战时经济月刊》第1卷第3期，1938年2月15日出版”，误。1938年2月5日汉口政论社出版的《政论》半月刊第1卷第3期已经转发了此文，且注明来自《武汉日报》。因此，原载应为《武汉日报》，时间当早于1938年2月5日，具体何时待考。值得注意的是，《政论》转载的标题没有“经济”二字，文章第二节标题“中国应付战争之能力”亦无“经济”二字，究竟为《武汉日报》原无（那么《战时经济月刊》的文本“经济”二字何来？），还是被《政论》删去（为什么删去呢？），待查。
再如，第五卷中《读徐青甫先生〈国难期间经济之设计〉书后》在《银行周报》的原载文后尚有“附徐青甫先生《国难期间经济之设计》一节”，《全集》未予收录，亦未加说明。这样处理是不妥当的。虽然我们不能确定徐青甫的节选是马寅初本人所附，但节选内容与马寅初的批评密切相关，《银行周报》的编者或者要求作者增加了附文，或者征得作者同意增加了附文，附文已经成为马文的有机组成部分，我认为应该收入《全集》中。即便我们能够证明附文纯系编者行为，不收入《全集》，也应该在题解中加以说明。另外，《银行周报》16卷15期（1932年4月26日）载有徐青甫对马寅初批评的回应（《读马寅初先生对于拙著〈国难期间经济之设计〉书后提出辩论》）以及姚庆三《与徐青甫先生、马寅初先生论国难期间经济之设计》，在此指出，供有心人参阅。
还有（最后一个例子，亲爱的读者打呵欠了吧？），第十卷中《中国之新金融政策》一书题解作“本书原由商务印书馆1937年7月出版”，误，应为商务印书馆1936年12月初版。这不仅仅是一个事实问题或注解问题；在作者手稿缺失的情况下，底本的选择，初版本还是后续版本，直接影响到《全集》的编辑质量和权威性。
《全集》的文本编辑有待改进。仅以上面提到的《从战争中所得之利益与中国应付战争的经济能力》一文为例。比较《全集》文本与《政论》文本，我们很快发现，文章第一节“中日战争对中国之利益”在《政论》中分为五段，层次分明，《全集》则合为一大段，面目模糊。原文第四段段末的句号易为逗号，与原文第五段相连，误导读者，既不适当也不规范，直接违背了编者声称的“非标准标点，则作适当规范”的标准。而且，《全集》稀里糊涂一大段的编辑处理根本遮蔽了文章源于报纸的本来面目，与错误的题解一脉相承。这大概算不上“尊重历史、崇尚科学”（《全集》的编辑总方针）吧。选择后续版本，而非初版本或尽可能靠近作者源头的版本为底本，其后果之严重，由此可见一端。
还有更严重的：“全集”变成了“残集”。第八卷《中国经济改造》一书有三章存目但未予收录：第三十三章《共产党的土地政策（上）》，第三十四章《共产党的土地政策（下）》，第三十五章《国民党之土地整理办法》。主编田雪原在《前言》中说：“早期论著中个别提法当今出版不宜出现的，作省略处理。”具体如何“不宜”，读者有权知道，编者却未作说明，遗憾。是不是有关方面认为“不合时宜”，施加压力，编者有苦难言？抑或编者出于崇高的政治责任感，主动“省略”？若是前者，则编者在政治审查（censorship）允许的范围内，已经为“尊重历史、崇尚科学”做出了努力：不收录，但存目。若是后者，则这种自我审查（self-censorship），不客气地说，无异于自我阉割（self-castration），是对编者功能的自我取消。诚然，马寅初自己光明磊落地否定了“一九三九年以前的老文章”（《重申我的请求》，《全集》第十五卷第322页），但否定不等于一笔抹消，作者的否定不等于编者的否定。马寅初对自己的历史作出了交代，编者则要对历史作出交代，用古人的话来说，就是“为往圣继绝学”。让“全集”全起来，成为严谨可靠的、真正学术性的“集”。我们有责任努力达到这一目标，我们能够达到这一目标。
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