据中国海洋报报道，该通知将于2007年3月1日开始施行，对于进一步规范全国沿海海域使用金征收管理、完善海域有偿使用制度意义重大。
海域有偿使用制度是《海域使用管理法》的三项基本制度之一，也是法律赋予财政部和国家海洋局的重要职责。目前，海域使用金管理主要依据是1993年财政部和国家海洋局联合颁布的《国家海域使用管理暂行规定》，海域使用金标准为“由各地根据具体情况制定，但每年每亩不得低于100元”。大部分沿海地区结合本地实际情况，制定了海域使用金征收管理规定，确定了征收标准。但沿海各地管理规定不统一，征收标准各异，阻碍了全国海域使用金征收管理工作向前推进。与此同时，填海造地区海域使用金征收标准普遍偏低既不利于国有海域资源的保值增值，也不利于国家采用经济手段调控沿海地区不断增多的填海造地活动。
为妥善解决以上问题，财政部会同国家海洋局多次到沿海地区开展海域使用金征收管理专题调研，在此基础上，针对当前海域使用金征收管理存在的问题，起草了《通知》。从2004年开始，财政部会同国家海洋局启动了全国海域等别划分和海域使用金征收标准制定工作。该项工作历时3年，经过专家研究、实地调查、试点验证等工作，参考各地经济发展状况、用海类型、用海需求状况、对海域生态环境所造成的影响程度、海域周边土地价格以及海域使用金原有征收标准等因素，研究制定了《海域等别》、《海域使用金征收标准》及《用海类型界定》等附件。《海域等别》将全国沿海223个县(市、区)海域划分为6个等级；《用海类型界定》根据用海方式，将海域划分为填海造地用海、构筑物用海、围海用海、开放式用海、其他用海等5大类；《海域使用金征收标准》确定了不同海域等别、不同用海类型的海域使用金征收标准。
《通知》中还规定了海域使用金征收方式、缴库方式、管理和监督管理责任部门。海域使用金实行一次全额缴纳和逐年计征两种方式；缴库方式视具体用海项目分为全额缴入中央国库、全额缴入市县地方国库、中央和地方国库分成等三种；省级财政部门和海洋行政主管部门负责确保海域使用金及时足额缴入中央和地方国库，财政部驻相关地方财政监察专员办事处应确保中央海域使用金收入及时足额解缴入库。同时，制定了《海域有偿使用统计报表》，建立健全了海域有偿使用统计报表体系，为加强海域使用金收入管理提供必要的基础数据。
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