为配合整顿和规范工作，国家发改委会同国土资源部等部门联合下发了《关于加强煤炭行业结构调整应对产能过剩的指导意见》，就煤炭行业结构调整提出了指导意见；公安部召开了全国公安机关清理整顿爆炸物品、枪支弹药和管制器具专项行动电视电话会议，就清理整顿爆炸物品专项行动进行了全面部署；监察部就矿业权出让管理执法监察问题进行了认真研究；财政部会同国土资源部就矿山企业历史上无偿取得矿业权的有偿处置、矿业权出让收益分配、调整两权使用费、实行矿产资源补偿费浮动费率政策和环境抵押金制度等问题，形成了一套较为完整的改革方案；国家环保总局下发了《关于切实做好全面整顿和规范矿产资源开发秩序工作的通知》，就进一步整治矿山环境向各级环保部门作出部署；国家安全监管总局下发了《关于做好近期非煤矿山安全生产许可工作的紧急通知》，对整顿和规范工作中的安全监管工作提出了要求，并会同有关部门印发了《关于加强煤炭安全生产工作规范煤炭资源整合的若干意见》。国家工商总局和商务部也做了大量工作。
各地在整顿和规范工作中普遍建立了联合执法机制。山东省针对县（市、区）交界地区矿产资源开发秩序易反复的状况，建立了协调监管机制，由所在地的相关部门共同维护交界地区矿产资源开发秩序，还制定了联席会议、联合执法、定期联络、信息沟通、责任追究、督察督办等制度。江苏省为进一步加强限制开山采石工作，要求发改委、国土资源、交通、水利、城建、环保等部门协调配合，在充分调研和论证的基础上，抓紧制定新一轮禁采区（带）的补充、调整方案，并纳入矿产资源总体规划。一些市（县）已建立了由国土资源、公安、安监、煤管、环保、工商、监察等部门参加的矿产资源开发秩序日常管理联合机构和巡查机制。辽宁省兴城市公安局认真履行公安机关对危爆物品安全的监管职能，严格行政审批，实行坑口备案制，《爆炸物品使用许可证》的发放以国土资源部门核发的采、探矿许可证为前置条件，并依据探矿设计方案和采矿开发利用方案的坑口数与生产能力供应爆破器材。安徽省青阳县明确规定，国土资源部门负责制定整顿和规范方案，公安部门负责监管矿山企业火工品的使用，工商部门负责清理矿山企业登记工作，安监局负责清理矿山企业安全生产许可工作，供电部门负责对停产和关闭矿采取停电措施，环保部门负责矿山企业的环评审查工作。
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