该《条例》明确对改革创新实行积极鼓励、大力支持、正确引导的方针，同时规定改革创新是国家机关、公立非营利机构和人民团体的法定职责。《条例》规定，国家机关、公立非营利机构和人民团体负有改革创新的工作职责。改革创新工作要经过四道基本程序，即提出建议、制定计划及方案、组织实施、效果评估。市、区政府的改革创新工作中长期规划、年度计划及改革创新方案，市政府各部门的改革创新工作计划及方案，应当向社会公布。涉及公众利益的重大改革创新，市体制改革工作机构或者上级单位应当委托无利害关系的第三方进行效果评估。评估报告应当向社会公开。
《条例》提出“任何组织和个人有权向国家机关、公立非营利机构和人民团体提出改革创新的意见和建议”，同时要求市政府建立改革创新公共信息互动平台，为公众参与改革创新提供便利。
《条例》还强调，涉及公众利益的重大改革创新，有关单位应当举行听证会。听证会的有关情况应当向社会公布，听证会上的主要意见应当作为决策的重要依据。根据《条例》，深圳市政府将设立改革创新奖项，对有下列情形之一的组织和个人给予表彰和奖励：（一）积极推进改革创新工作，取得重大成绩的；（二）改革创新研究成果或者意见、建议被采纳，取得重大经济效益或者社会效益的；（三）在改革创新工作中有其他突出贡献的。另外，其他国家机关、公立非营利机构和人民团体应当对提出具有重要价值的改革创新意见或者建议的组织或者个人，给予适当奖励。
《条例》还要求市、区人大常委会加强对本行政区域内改革创新工作的监督。有关单位的改革创新工作如果是违反《条例》规定的指导思想或者基本原则的，或违反规定程序的，或实施效果与预期目标相背离的，或未认真执行改革创新方案、造成不良后果的，市体制改革工作机构、上级单位可以要求其纠正，必要时可以要求其停止实施有关改革创新方案。同时，国家机关、公立非营利机构和人民团体如果有下列三种情形之一，即抵制、阻挠改革创新工作，情节严重的，或者以改革创新名义为单位或者个人牟取私利的，或者与其他单位或者个人恶意串通，损害公共利益的，由监察机关或者其上级单位追究其主要负责人以及直接责任人员的责任。市体制改革工作机构也可以提请市监察机关或者其上级单位追究相关人员的责任。
“免责”是《条例》的亮点之一。如果改革创新工作未达到预期效果，《条例》提出了三种免于追究有关人员责任的情形：一是改革创新方案制定和实施程序符合有关规定；二是个人和所在单位没有牟取私利；三是未与其他单位或者个人恶意串通，损害公共利益的。
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