原告肖传国系华中科技大学同济医学院附属协和医院泌尿外科主任。2005年9月14日，被告中国协和医科大学出版社和搜狐公司邀请被告方舟子在搜狐健康频道在线谈“生物医学的规范”，其中涉及污蔑原告学术成果的内容，称其成果属于利用中国和国外信息不对称自吹自擂。2005年9月21日，搜狐公司在搜狐新闻频道发表了被告方舟子《脚踏两只船中国院士越选越滥》的文章。文中再次污蔑原告“肖氏反射弧”是肖传国本人自吹自擂，其成果国际上毫无影响，在国内医学界也没有得到认可。
原告认为因被告不符合实际情况的报道和污蔑，特别是对原告的学术工作和所获国际认可的各项指控均完全背离事实，严重损害了原告的名誉权。该文刊登后，在原告的学生、老师和同事中引起了极大的愤慨；原告作为国际知名的泌尿外科专家，其声誉受到了极大的影响。要求两被告在国内公开发行的知名媒体和网络上向原告赔礼道歉，并要求两被告连带赔偿原告名誉损失费10万元。
在二次开庭中，被告中国协和医科大学出版社未举证。被告方舟子在庭审中辩称被告方舟子的评论属于其个人的言论自由的权利，并没有损害他人的合法权益。被告方舟子的评论和《脚踏两只船中国院士越选越滥》一文，均有事实依据，不存在诽谤、侮辱等侵害他人名誉的情形。被告在搜狐健康频道在线谈“生物医学的规范”中未提及原告的名字，未直接影响其声誉。在《脚踏两只船中国院士越选越滥》一文中对原告学术成就的评价均有事实依据，不存在“污蔑”、“完全没有事实”的情况。被告提出的所谓‘肖氏反射弧’、‘肖氏术’就连在国内医学界也没有得到认可”是正常的学术质疑，没有任何侮辱内容，丝毫不构成侵犯原告的名誉权，是正当的学术批评。请求法院驳回原告无理的诉讼请求。
法院经过二次庭审后认为，法律赋于公民言论自由的权利，公民在行使言论自由权利时不能违反法律规定。同时，法律保护公民、法人享有名誉权不受他人侵犯的权利。被告方舟子网络访谈及网络评论中谈到的关于原告的相关内容基本失实。《脚踏两只船中国院士越选越滥》一文中使用了“脚踏两只船”、“自吹自擂”、“拔高自己”、“玩用会议摘要冒充论文的把戏”等带贬意的词语。这些基本失实的言论及带贬意的词语的描述，足以误导公众认为原告在职务、论文、学术理论等问题上造假，从而导致原告人品、声望、社会评价的降低，给原告造成精神伤害。原告名誉被毁损的事实成立。因此，被告方舟子的失实言论已使原告名誉受损，构成对原告名誉权的侵害，被告方舟子应当对其行为承担法律责任。学术批评、争论应建立在对事实的客观、真实的基础上和中肯的评论上。被告方舟子的言论失实，其言论已超过了法律允许的范围，构成对原告名誉权的侵害。被告中国协和医科大学出版社作为网络访谈活动举办方之一，对访谈主讲人的失实言论未尽到谨慎的注意义务，并为主讲人失实言论提供了传播平台，应对被告方舟子侵害他人名誉权的行为承担相应的法律责任。由于被告中国协和医科大学出版社及方舟子对原告名誉权的侵害系通过互联网进行的，其不良影响传播范围较广，给原告带来较大影响。
法院判决由被告方舟子、被告中国协和医科大学出版社在搜狐新闻频道刊登声明，向原告肖传国赔礼道歉；被告方舟子赔偿原告肖传国精神损害抚慰金3万元；被告中国协和医科大学出版社赔偿原告肖传国精神损害抚慰金1万元。被告方舟子应与被告中国协和医科大学出版社承担连带赔偿责任。法院同时驳回了原告肖传国的其他诉讼请求。
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