对社区卫生服务中心(站)实行收支两条线管理，目的是为了切实保障社区卫生服务的公益性质，切断社区卫生服务从业人员个人收入与业务收入的联系。《意见》明确规定，社区卫生服务中心(站)医疗、药品等全部收入全额上缴区县财政专户；全部支出纳入部门预算管理。社区卫生服务中心(站)工作人员的待遇由财政予以保障。实行收支两条线管理的社区卫生服务中心(站)要独立核算，成为独立法人，运行经费由各区县财政予以保证。市级财政将根据各区县实际对困难区县予以补助。
《意见》根据现实情况，划定了分阶段实施的措施，在现阶段先对规划设置内市、区两级卫生行政部门所属的社区卫生服务中心(站)实行收支两条线管理，其他社区卫生服务中心(站)暂不实行收支两条线管理，按照政府购买服务的原则对药品零差率、公共卫生服务等项目予以补助。
为使百姓吃上放心药、便宜药，《意见》规定，规划设置内的社区卫生服务中心(站)使用的药品和医用耗材均实行政府集中采购，统一配送，零差率销售。为便于政策的实施，参照《北京市基本医疗保险社区卫生用药报销范围》和社区卫生服务中心(站)的实际用药情况，先遴选治疗群众常见病、多发病的常用药品和医用耗材由政府集中采购，统一配送。常用药品按照与生产企业确定的出厂价格销售，不得有任何提成。
《意见》规定，将组建政府集中采购工作小组，采取直接面向生产企业询价、网上竞价和议价等形式来确定采购品种和价格(含配送费用)，将在全市公开遴选3—5家经营企业作为社区药品和医用耗材的配送企业。为保证对社区卫生服务机构的及时配送，各区县可以根据实际需要，增选二级配送企业，但不能增加总配送费用。
《意见》规定，城市地区社区卫生服务中心按照每3000名服务人口配备1名全科医生，每2500名服务人口配备1名社区护士，每2000名服务人口配备1名预防保健人员；农村地区社区卫生服务中心(站)原则上按照每2000名服务人口配备1名全科医生、1名社区护士、1名预防保健人员。
对广大群众关心的提高社区医疗服务水平问题，《意见》中也明确规定，要以岗位培训为重点，切实提高社区卫生服务人员的服务能力和水平；充分利用教育资源，加大人才引进和补充力度；建立优质卫生资源支援社区卫生的长效机制，包括严格执行城市医生晋升副主任医师或主任医师前到基层卫生单位累计服务一年的政策；鼓励区域医疗中心离退休的卫生技术人员经过全科医学转岗培训后，到社区卫生服务中心(站)工作等。
为发挥医疗保障和社区卫生服务的双向促进作用，《意见》研究制定对社区首诊和双向转诊制度的医疗保险支持政策，引导群众充分利用社区卫生服务，逐步形成医疗保障政策促进社区卫生服务发展、社区卫生服务增进和扩大医疗保障的良性机制。
《意见》实施后，按照现有社区卫生服务中心(站)使用常用药品实行零差率销售后测算，可直接让利给群众的药品差价2.78亿元。通过全市集中采购、统一配送社区卫生常用药，在现有药品招标价格基础上，可再降低20个百分点，将让利于群众1.54亿元，共计让利于群众4.32亿元。按照现有社区卫生服务中心(站)门诊人次结构测算，每年可为享受基本医疗保险的群众在药费支出上至少节省约1.17亿元，享受公费医疗的群众节省约5200万元，享受新型农村合作医疗的群众节省约1亿元，自费的群众节省约1.63亿元。
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