2006年第二批6起挂牌督办案件包括：吉林省长白山精细化工有限公司污染牤牛河案；黑龙江省哈尔滨气化厂违法超标排污案；河南省新安县违法出台“土政策”案；浙江省金华市委市政府出台违反环保法律法规的规定案；新疆自治区、新疆生产建设兵团伊犁州区域环境污染案；河北省廊坊市金茂纸业有限公司环境污染案。这6起案件共涉及6个省（自治区）和新疆生产建设兵团、5个流域、1个工业园区和25家环境违法企业；涉及政府违规出台“土政策”、干预环保执法的案件3起；无治污设施，直排或利用渗坑排放的企业12家；涉及违反环境影响评价及环保“三同时”制度的企业9家。
国家环保总局、监察部将对这6起案件的办理情况进行跟踪督办。一要坚决纠正各种“土政策、土规定”。按照“谁制定、谁清理”、“谁抵制、谁负责”的原则，凡是拒不纠正的，严格按照《环境保护违法违纪行政处分暂行规定》追究地方政府和相关部门领导责任。二要继续督促各级政府层层落实责任，对违法排污企业进行彻底整改。凡是达不到要求的企业必须依法关停，完不成清理整顿任务的要追究政府和部门有关人员责任。三要实行联合办案制度，严肃查处环境保护违法违纪行为。对地方政府以各种方式干预环保部门执法的，环保部门及其他行使职权的部门存在不作为、乱作为、玩忽职守、失职、渎职的，由监察机关依照《环境保护违法违纪行政处分暂行规定》进行责任追究。四要继续加大宣传力度，加强舆论监督。
自今年5月环保总局、发展改革委、监察部、司法部、工商总局、安全监管总局、电监会联合组织开展2006年环保专项行动以来，各省、自治区、直辖市人民政府切实加大工作力度。截至8月底，全国已经出动环境执法人员66万人次，检查企业29万余家，查处环境违法企业1.2万余家。全国共挂牌督办各类典型环境案件5116起，其中省级以上挂牌督办445件，市县挂牌督办4671件。
环保总局、监察部挂牌督办的第一批四件环境违法案件已基本查处到位，涉案的45家企业，除1家取缔、1家处于设备安装阶段、1家处于试运行阶段外，42家企业已通过当地环保部门验收。期间追缴排污费4972万元，罚款32万元，处理责任人员9名。
通过首批挂牌督办取得三个方面成效：一是促进了重污染行业整体优化升级，区域环境质量得到明显改善。按照《湖南、贵州、重庆三省（市）交界地区锰污染整治方案》要求，截至今年4月20日，湖南花垣、重庆秀山、贵州松桃三县的41家电解锰企业，停产治理29家，限期治理11家，取缔1家，累计投入治理资金21913万元。今年3月经当地环保部门监测，清水江总锰、六价铬、氨氮、PH等各项指标均达到《地表水环境质量标准》Ⅲ类水体标准。二是清理纠正了一批违反环境保护法律法规的“土政策”。截至3月底，忻州市及其13个县（市、区）政府违规出台的违反环境保护法律法规的“土政策”问题已基本得到了纠正，共废止相关文件27件。静乐等县全面纠正了“执法单位进企业检查须经政府领导批准”问题；繁峙、五寨等县整改规范了排污费核定中存在的问题。三是通过追究政府及有关职能部门责任人员的责任，促进了环境问题的整改。监察机关对甘肃百美纸业环境污染案和黑龙江海林三家企业环境污染案9名（副市长1人，副县长1人，环保部门5人，工商部门1人，企业1人）责任人进行了责任追究，其中给予撤职处分1人，严重警告并降级处分1人，警告处分4人，记过处分2人，罢免人大代表资格1人。
今年3月，环保总局、监察部对晋陕蒙宁四省区电石铁合金焦炭行业清理整顿工作进行了“回头看”检查。检查中发现，在2005年国务院四部门检查验收后，个别地方政府和部门放松监管，一些地方出现了污染反弹，一些企业停运治污设施或整治不到位；供电部门向企业违规供电的问题比较突出；有些市（盟）电石铁合金企业以“初验收试生产”名义违法生产。为促进四省区政府及有关部门抓好清理整顿工作，各级监察机关坚决执行《环境保护违法违纪行为处分暂行规定》，严肃处理了涉案的40人（政府20人，环保部门11人，其他部门9人）。其中给予行政撤职处分的2人，记大过的1人，记过的3人，行政警告的1人，通报批评的3人，诫勉谈话的14人，书面检查的14人，移送司法机关2人。
经过近三年的清理整顿，晋陕蒙宁交界地区各级政府对1086家企业进行了集中整治。共关闭不符合国家产业政策和污染严重的企业213家；整改企业873家，投资14.3亿元建设治污设施并进行炉型改造。整改企业中有409家企业经过验收并恢复生产，占46.8％；有464家企业被停产整改或自行停产，占53.2％，昔日“村村点火，处处冒烟”的景象已不复存在，环境质量得到明显改善，清理整顿工作取得了显著成效。
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