案件的争议焦点集中在三处：省立医院对陈子菁的护理是否规范；抢救后对陈的补钙治疗是否有误；修改的病历是否真实可信？
焦点之一 出生后院方的护理有无过错？ 与脑瘫疾病是否有因果关系？
申诉方（李文峰）认为省立医院未尽到对新生儿进行喂养和指导喂养的护理责任，未履行特殊护理的义务。其机械推行母乳喂养规定，在母亲未开奶的情况下致使陈在出生48小时内未吃到任何食物，引发低血糖，长时间抽搐继而引发“缺血缺氧性脑病”，加之误诊误治，导致终身残疾。
申诉方和抗诉机关（最高人民检察院）认为陈子菁的“缺血缺氧性脑病”是省立医院造成的。
而被申诉方（省立医院）则认为陈子菁母亲是选择性剖腹产，他是正常新生儿，医院的护理诊疗行为符合技术规范，诊疗行为与疾病没有直接因果关系。母乳喂养的义务主体是婴儿的父母，医院的指导不具有约束力。在相同护理条件下“大双”正常，佐证“小双”并无饥饿，“小双”出现疾病，具有偶然性，难以防范。
焦点之二 患者是低钙血症还是低血糖症？ 补钙治疗方案是否错误？
李文峰认为，陈子菁之所以出现后来的重度脑瘫，完全是由饥饿引起的，根本不存在所谓的“低钙惊厥”病因，以补钙为主的治疗方案加重了病情。
抗诉书引述权威医学专著和教科书的观点证实，单纯的缺钙不会导致脑损伤，只有低血糖引起脑细胞能量供应障碍，才会导致脑损伤。并且“低血钙症可能是新生儿自身原因产生，而低血糖往往是外界因素如饥饿等原因造成。”
省立医院则认为，陈子菁惊厥，脑内异常放电在先，多人参加的抢救治疗小组在短时间内从7到8种病因排查中认为是低钙血症，抽搐引起继发性低血糖，属于并发症。
而抗诉书认为从双方提供的证据看，陈子菁患低血糖的症状证据要大于低钙血症的症状证据。陈子菁分别于1996年5月31日和6月6日做过两次“生化一套”检验。前一次检验报告不翼而飞，后一次检验报告共有26项数据，第16项是“钙”的化验数据，第26项是“糖”。省立医院将16项以下全部遮盖，以此复印件证据用于医疗事故鉴定。而最高检调查发现，6月6日生化检验报告的原件中陈子菁血钙正常，而血糖却大大低于正常指标。
焦点之三 修改的病历是否真实可信？ 据此定案是否违反法律规定？
省立医院向法庭提供的病历记录是复印件且有多处不规范的修改，而且是关键部分：将陈子菁抽搐30分钟（足以造成脑瘫）涂改为5分钟；将《体温和护理记录》中母乳摄入量“00”左边的“0”涂掉，右边的“0”改为“8”等。而省市两级医疗事故鉴定报告所依据的资料，正是省立医院提供的病历和检验报告复印件。抗诉书认为：对有分歧的证据，法院没有进行查证，就作出了判决，是违反法律相关规定的。
终审判决书“既没有判决认定的事实，也没有判决认定的理由，更没有对原告、被告提供的证据依法进行评判”，而仅仅以医疗事故鉴定报告作为被告不承担责任的证据，“实际上由该委员会履行了裁判权”，“这与宪法赋予人民法院独立审判权的规定相悖……”抗诉书对本案判决如是评价。
省立医院认为，在今天回过头看1996年的病历是有瑕疵的。其修改关键在于是推卸责任还是书写技术不规范。医生的证言中介绍了病历修改的原因和过程。病历是真实可信的。
李文峰认为，医疗纠纷的依据是病史，还原病史的前提是建立在病历真实合法有效的基础上。医院到今天未提供原始病例，对复印件的真实性不认可。
法庭上还围绕“索赔315万元有无事实依据和法律依据，是否超出诉讼时效，原审有无违反法定程序、认定事实有无证据不足问题”等7个方面问题进行了举证、质证和辩论。经过一天审理，法官宣布本案将择日宣判。本报将对此案继续予以关注。
新生儿患“缺氧缺血性脑病”引发一起旷日持久的医疗纠纷（案件回放）
1996年5月29日，陈子菁在安徽省立医院（下称“省立医院”）经剖腹产出生，是双胞胎中的“小双”，阿氏评分9分，为优良新生儿。陈子菁出生48小时，被护士洗澡后抱回病房时，李文峰（陈子菁奶奶）发现小孙子口唇青紫，四肢抖动、抽搐。值班医生抢救后将其转入儿科治疗。6月5日，省立医院ＣＴ片显示：陈子菁患“缺氧缺血性脑病”，该院诊断“低钙惊厥”并进行相应治疗。6月13日，陈子菁出院，病情并未好转。至今，年满10岁的陈子菁仍是一个重度脑瘫、智力低下、生活不能自理的痴呆儿……
1998年8月10日，陈子菁代理人李文峰将省立医院推上被告席，请求判令其赔偿医疗费、残疾人生活补助费、精神损害补偿金共计315万元。
合肥市医疗事故鉴定委员会1998年5月14日做出鉴定结论认为，不属于医疗事故。7月24日，有省立医院3名专家参与的安徽省医疗事故鉴定委员会再次作出鉴定：“患儿仅住院15天，经治医生对患儿疾病的特殊性和预后的严重性认识不足，临床及辅助检查不全面，病史记录不及时，有些地方不够准确，产科对患儿喂奶关心指导不够，但上述诊疗行为缺陷与患儿目前症状无直接因果关系，不构成医疗事故。”
一审期间，司法部司法鉴定科学技术研究所作出“书证审查意见书”：鉴于医患双方在患儿当时是否“饥饿”问题上各执一词，建议由法院调查取证。但是至此案终审结束，法院也未将此重要事实调查清楚。
2000年9月，合肥中院民事判决认为原告方未提供充分证据证实陈子菁病情是由饥饿引起的，驳回其诉讼请求。2001年4月，安徽省高院二审维持原判。2006年2月5日，最高人民检察院会同安徽省人民检察院经过细致认真的调查，发出民事抗诉书认为此案判决“认定事实的主要证据不足、违反法定程序，可能影响案件正确判决、适用法律错误。”
本报2002年8月18日刊发的《脑瘫患儿为何难讨公道》一文，披露了安徽两级法院在审理中存在的问题
1.国家级司法鉴定单位认为有伪造或篡改嫌疑的关键证据（病历）未查清真伪、重要事实未调查清楚。
2.违反民事诉讼法规定，依据地方行政法规（安徽省医疗事故处理细则）不让原告方查阅、复制原始病历。
3.违反民事诉讼法关于书证的规定，以病历复印件作为定案依据。
4.合肥中院委托作司法鉴定时，隐匿16页病历未送检，病历有可能对医院不利。
5.一审开庭审理后，5张有可能影响审理结果的病历原件不翼而飞。
6.法院的判决书表述过于简单，无论从逻辑法则和经验法则的角度来分析，均得不出令人信服的结论。
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