2月3日，加拿大联邦法院法官作出裁决，支持加拿大移民部难民委员会2002年6月的决定，拒绝赖昌星夫妇的难民资格申请。早在这一裁决之前，赖昌星聘请的大牌难民律师马塔斯(Matas)就表示，无论此番胜诉与否，赖昌星一案的法律程序都还需要几年时间才能完成。
加拿大复杂的难民上诉程序，在这一案件的司法历程中已经可以得到充分验证。对这一程序所能给予失败申请人的充分机会，马塔斯一点也不打算放过，表示将会把官司一直打到联邦最高法院。从2000年6月8日提出难民申请开始，借助于司法程序，赖昌星在加拿大的时间也在不断延长。这一程序还将延续多久，从此案的进展来看并无定论。
赖昌星难民申请聆讯始于2001年7月3日，由移民局暨难民局聆讯庭在温哥华市中心的联邦法院开始聆讯，延续到当年11月6日，开庭49天，传唤20多名证人，提出60册证据。这次加拿大难民局历史上最长、最复杂的难民申请聆讯在11月结案，判决却在2002年6月21日才作出，难民局用294页的裁决书拒绝了赖昌星一家五口的难民申请。
依照加拿大难民申请和联邦法院程序，难民申请人被拒后，可以上诉至联邦法庭，要求司法复核。精通难民处理程序的温哥华移民律师梅纳德接受采访时曾解释，联邦法庭首先要决定这个案子是否值得再辩论下去，即首先判决是否受理此案，“如果受理，将进入司法复核阶段，这一阶段，主要是确定难民局的聆讯程序上是否有不恰当的地方，有没有被遗漏的重要证据，是不是犯有法律上的某些错误，联邦法院可能认为整个聆讯基本成立，也可能发现聆讯中有较大疏漏甚至错误，要求难民局进行重新甄别聆讯。”而如果法院认为上诉理由不足，可以直接拒绝进行聆讯，那么接下来就是难民遣返相关程序。而如果要求重新甄别，则此案的程序就将回到起点。因此，尽管赖昌星的上诉在2002年9月提出，但直到2003年7月才被接受上诉审理，仍被认为是该案的一项重要进展，马塔斯抓住移民局调查过程中的“技术性差错”，为赖昌星争取到上诉的机会。而2004年2月3日的裁决结果，只是赖昌星难民上诉案的一个结论，并不代表整个司法程序的终结。
此次判决，仍留给赖昌星一个可能的上诉机会，那就是代表赖昌星的律师，或者是移民部的律师，可以在2月17日之前，提出交给上诉法庭(Court of Appeal)再作审理的“重大问题参考”。法庭将作出裁决，是否接受这些检定问题，在上诉法庭做进一步的辩论。如果提出的重大问题得到法官的认可，则仍有上诉的机会，马塔斯表示，能成功得到上诉法院认为案件存在“重大问题”的机会，约为12%。
如果上诉法院认为没有问题值得检定，无法争取到上诉机会，那2月3日的判词，在三周之后，将成为法庭的命令。如果要上诉，可以向联邦最高法院提出申请，复核联邦法庭在2月3日的判决，如果联邦法院不受理，有关赖昌星难民被拒案在联邦法院司法复核的法律程序就会到此为止，接下来赖昌星将面临遣返。但之前，他将先经过一项遣返前的风险评估，在这个阶段，赖昌星可以出示新证据，并由律师代表在聆讯时为其辩护。另一种可能性就是，如果可以争取到联邦最高法院的上诉受理，此案还可继续其法律程序。而一旦出现胜诉的可能，那么整个司法程序又将回到新的起点，从移民局重新确认难民资格审定开始，进入又一轮的司法程序。移民局暨难民局委员会——联邦审判法庭——上诉法庭——联邦最高法院——遣返风险评估，按照加拿大的相关法律，考虑到每个程序之间所可能遇到的等待以及审理所需的时间——一个明显的例子，赖昌星案的联邦法院上诉裁决从预期的4个月，延长到7个月——就算最后仍然败诉，走完这样的一个完整程序，如马塔斯所言，赖昌星在加拿大仍能有几年的时间。
就算全部法律程序完结，在遣返风险评估的时候，中国与加拿大两国之间的司法制度差异，仍有可能成为影响最终结果的重要因素。另一方面，赖昌星案的进展也并非简单的只是加拿大司法程序所讨论的难民资格问题，更为关键的，是中国与加拿大之间关于赖昌星的引渡问题，能否达成相关外交协议。
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