根据国务院最新出台的要求，主体功能区划分工作将分三个步骤完成，今年年底确定划分的指导原则；明年9月出台针对四个区域的政策框架；明年年底编制完成《全国主体功能区划规划(草案)》，报国务院审议。
基本“单元”
出于兼顾环境承载和转变经济增长观念的考虑，“十一五”规划中明确，国土空间将划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区，并按照主体功能定位调整完善区域政策和绩效评价。
但是，具体主体功能区如何划分基本“单元”，以及划分标准等问题目前尚未落实。
高国力所带头的“我国主体功能区划分及其分类政策”课题组率先提出，先确定行政上的“县”作为划分单元，“中央政府”和“省政府”成为两级划分主体。即先由中央层面以“县”为基本单元进行划分，再由省也以“县”为基本单元划分，如有冲突，原则上地方要服从中央的划分结果。
发改委规划司司长杨伟民在年中的一次内部会议上也提出“中央”和“省”两级划分的构想。一位与会人士透露，杨伟民说各省在划分时要按照中央的依据，但可以有各自不同的标准值，比如西部地区和东部地区资源环境和社会发展等标准值不能横向比较。
发改委宏观院的一份研究报告还建议，划分如果突破行政区域，更能调动协调资源环境、开发密度和发展潜力等自然和经济要素。此观点已被多方达成一致。
但高国力担心，突破行政区域会导致政策没有实施主体，很难得到有效推行。因此，主体功能区划在很大程度上仍然要依托现有的行政区划，照顾到现有的行政区边界，局部区域可以构建跨行政区的主体功能区。
划分标准
事实上，主体功能区的设想一直以来都备受争议，因为在划分标准、四类地区的政策区分上，反对者们认为可行性太低。
高国力的课题组率先提出，应该实行国土部分覆盖。高国力说，如果明确了部分覆盖原则，将会大大提升可行性和可操作性。
部分覆盖原则，也就是确定四类主体功能区的标准后，只有符合标准的区域划入四类主体功能区，其他区域目前并不进入，待以后时机成熟调整标准后逐步划入。
高国力解释，当前市场机制尚未健全，政府的财力、管理能力和手段有限，而中国国土广阔，地理环境和各地发展状况都非常复杂，即使是四类区分也难以囊括全国的情况。有些未被开发的地区，既不是环境资源需要保护的地区，也没有显现成熟的开发阶段，这样的地区应该在划分之外，令其自然发展。
另外，划分的标准还需要大量的科学数据支持。据了解，目前中科院地理所等相关单位承担着遥感、地理信息系统等技术支撑体系的研究任务。
由于划分工作十分复杂，杨伟民在发改委的内部会议上还指出，要积极鼓励试点。
据悉，浙江省和江苏省已经在省内开展了这项工作，均由本省发改委规划处牵头。在近期出台的国务院通知中也指出，将在东部、中部、西部和东北地区各选择1~2个典型地区，组织开展省级层面主体功能区的划分标准和方法等研究，为确定省级层面主体功能区划技术大纲提供基础。
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