1994年财税体制改革对省以下政府间收支责任划分没有明确的、制度化的规定，各省情况相差很大。总的趋势是，省、市(地)政府普遍采取上收财权、层层预留机动财力的做法，财权越来越向上集中，基层政府的制度内收入来源越来越少。造成这种现象的根源在于现行的行政体制，即上级政府有权决定其直接下级政府的收支划分。在这种情况下，事权更多地由下一级政府承担，财政支出压力逐级向下释放，基层政府所掌握的财力与公共服务职责严重不匹配。分税制改革以后，总的收入分配格局为中央财政占全国财政收入的比重大约占50%，省级大约占18%，市级大约占12%，县乡大约占20%。但是县乡供养人口占全国总人口的70%，财力与事权不对称的问题十分突出。
除此之外，还有以下几点原因：首先是财政供养人员人数过多，基层财政疲于“保吃饭”、“保运转”。其次，各种刚性支出任务超出了县乡财政承受能力。例如教育、科技、农业、文化事业等方面支出的增长比例都有法律规定或硬性要求，一般高于经常性财政收入的增长。这些指标超出了基层财政的承受能力。此外，各部门都不切实际地强调“条条”增长和项目配套。据相关统计，目前中央和省要求财政配套的各种专款经费如农业、扶贫、教育、卫生、医院、道路、水利等达97项，这使一些县乡财政陷入左右为难。
值得注意的是，这种体制安排也使得部分基层政府疲于应付上一级政府的各种检查和达标活动，财政支出往往集中在短期见效的“形象工程”和“面子工程”上，而真正需要政府关注的农村教育、医疗和农田水利设施建设等领域却投入不足。基层政府“越位”与“缺位”并存，导致了本来就有限的财政资金支出效率低下甚至是大量浪费。
农村税费改革，客观上也使一些县乡财政(特别是以农业为主的县乡)运行更困难。按改革前农业税和搭车收缴的其它全部收费来计算，取消农业税的改革成本不仅仅是2003年全国600亿元左右的农业税，而是维持当时农村公共服务实际运行所需的来自于农民的全部资金。农村公共服务所需资金数量尽管很难准确统计，但按照财政部农村税费改革办公室的统计，这个资金数量起码在1600亿～1800亿元左右，至少是农业税收的3倍。取消农业税后，上级财政的转移支付只有600亿元左右的规模，仅仅相当于农村公共服务所需资金的1/3，其余2/3的资金就形成了基层政府财政支出的新缺口。
为弥补这些收支缺口，一些基层财政除寅吃卯粮、隐性举债以外，能够保持正常运转的一个重要原因就是预算外资金的存在。不过，随着“收支两条线”等预算管理改革的推进以及农村税费改革的实施，预算外收入减少，一些县乡政府对上级政府转移支付的依赖性也就越来越强。
目前各地推行的“乡财县管”，名义上保留了乡镇政府对本级资金的所有权和使用权，但通过一系列财务统一管理措施，实际上大部分财权已上划到县。这种财政管理权限上划，短期看能在一定程度上实现对乡镇政府行为的约束，但“乡财县管”仅仅是不同级次政府间财政管理权限分配的改革，县乡两级的总财力并没有增加，如果没有转移支付等其它配套措施，“乡财县管”会导致乡镇政府对农民公共服务提供的不足。
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